La storia alterna le vicende di tre coppie diverse: Takahashi Misaki e Usami Akihiko formano la coppia Junjou Romantica, che dà il nome all’anime ed è la protagonista; Kamijou Hiroki e Kusama Nowaki formano la coppia Junjou Egoist; Miyagi Yoh e Takatsuki Shinobu formano la coppia Junjou Terrorist. Le vicende che si susseguono durante lo svolgimento della storia intrecciano le vite dei personaggi, legandoli l’uno all’altro.
Romantica: Misaki ce la sta mettendo tutta per prepararsi agli esami d'ammissione all'università, perciò suo fratello lo affida ad un insegnante privato. Ma l'incubo di Misaki inizia proprio quando il suo insegnante, Usami, si fa avanti!
Egoist: proprio quando la vita di Hiroki sembra andare per il peggio, egli incontra per puro caso un uomo, Nowaki, che lo travolgerà in un vortice che capovolgerà la sua vita.
Terrorist: Miyagi sembra sempre ignorare i problemi del mondo con una battuta ed un sorriso, ma anche lui ha dei problemi che non lascia trasparire. Il primo di essi è Shinobu, un implacabile ragazzino convinto che loro due siano destinati a stare insieme.